Dix aquifères constituent le socle du territoire de l’estuaire, dont 9 sont des nappes libres. Les eaux situées sur le littoral sont globalement de bonne qualité chimique et écologique.
107 cours d’eau traversent le territoire de l’estuaire, sur tout ou partie de leur linéaire. Alimentés par les nappes d’eau souterraines et par les précipitations, ils totalisent 1 560 km de linéaire. Ce réseau hydrographique est particulièrement présent au sud de la Seine.
Le territoire de l’estuaire de la Seine dispose de nombreuses zones humides, particulièrement au sud de la Seine. Les mares, très présentes sur le plateau de Caux, complètent efficacement ce réseau aux fonctions hydrologiques et écologiques essentielles. Elles accueillent une biodiversité riche et singulière.
Depuis 2020, la consommation d’eau potable pour les usages domestiques tend à se stabiliser, voire baisser, pour atteindre 149 litres d’eau potable par jour et par habitant. Principalement utilisés pour l’irrigation, les prélèvements d’eau pour les usages agricoles sont très dépendants des conditions climatiques saisonnières. Ils restent cependant marginaux comparativement aux usages dédiés aux activités économiques et à l’industrie.
L’eau est omniprésente sur le territoire de l’estuaire et s’y retrouve sous toutes ses déclinaisons. Le fleuve et la mer s’imposent de manière magistrale. Mais les eaux souterraines, les autres cours d’eau et zones humides nous rappellent la fragilité de cet écosystème singulier et l’enjeu que constitue la qualité de cette ressource.